4月10日，据媒体人苗原发布的文章披露，上村健一执教的U17国家队的助教团队与中方助教之间存在明显矛盾，甚至在一次训练过程中出现了肢体冲突的情况。
对于上村健一率领的日本助教团队，业内人士苗原的评价并不高。他认为，尽管上村执教的业务能力受到尊重，但他的日本助手们在经验和履历方面明显逊色，甚至有时表现出“不职业”的行为。曾在广州富力与上村团队共事的教练表示：“我很佩服上村的业务能力，但他的助手们水平实在让人不敢恭维。将这样的团队安置在国少队这样的平台上，如果中方教练组有不服气的情况，我完全能理解。”
在海外备战期间，一次因为训练场地问题，日本助教与中方教练发生了言语冲突，最终演变成了肢体冲突。虽然上村健一及时平息了事态，但队内的矛盾已经浮出水面。这并非上村团队首次与中国教练团队发生冲突。在广州、武汉等地的执教期间，上村健一与中国教练及俱乐部领导之间也曾产生过言语和肢体冲突。
尽管有A教练对上村的业务能力表示认可，认为他想要在中国留下足球遗产，并努力帮助中国足球，但他的性格和处事方式却让许多人感到难以相处。B教练则认为上村将中国当做了日本，没有为中国做出改变的意愿，这使得国内教练很难与他共事，久而久之，会对其执教能力产生怀疑和否定。
在国字号队伍U17国青队中，上村健一的使用球员方式也引发了争议。有人认为他存在“嫡系球员”的情况，但接近上村的知情人士澄清，上村并不会对中国球员有所区分，没有嫡系之说。在与沙特的第一场比赛中，上村撤下了一名备受争议的后腰球员闫宇喆，换上了另一组后腰组合。然而，球队的战术调整并没有达到预期的效果。
如此两极的评价反映了中日足球人在文化思维、处事方式和足球理解上的差异在工作中的体现。在俱乐部和国字号队伍中，这种差异都导致了合作上的不和谐和矛盾。要解决这些问题，需要双方更加深入地了解和沟通，寻找合作共赢的途径。
